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  • Common problems with flow cytometry>

    1. What should I pay attention to in sample handling?


    The unfixed sample should be tested immediately, and the best fixing method should be selected according to the experimental purpose to avoid the instability of the detection result due to the fixing agent. Fresh tissue specimens should be treated and stored in time to avoid being placed at room temperature for too long, leading to tissue necrosis and cell autolysis, thus affecting the detection results.





    2. What is blank control?


    Blank controls are cells that are not labeled, and the main purpose is to determine the expression value of basic fluorescence signals. Set blank pairs (unstained cells) to distinguish between autofluorescence and specific fluorescence of cells to avoid false positive results.





    3. What is homotype?


    Isotype control is an antibody of the same species origin, the same dose, and the same subtype of the same immunoglobulin as the experimental antibody. Isotype pairs are set up to eliminate background fluorescence produced by non-specific binding of antibodies to cells.





    4. How to determine whether the sample needs to break the film?


    The expression of proteins in cells/normal tissues/cancerous tissues can be queried through protein information databases or other literature to determine which samples (cells) should be selected for subsequent experiments, and whether to treat the samples (cells) with film breaking agents/nuclear breaking agents.





    5. How to choose the flow dyeing time and temperature?


    Flow dyeing is the binding reaction of antigen and antibody, the process of binding is very fast and very firm, but the dyeing process should try to make all antigens can bind antibody molecules, so it must be mixed when adding antibodies. We generally choose room temperature dyeing for 15 min or 4℃ dyeing for 30 min, and mix once in the dyeing process. It is recommended to flick the tube (a blow at the head of the gun may damage the cells and increase the number of dead cells, resulting in increased non-specific binding).





    6. How can compensation be reduced?


    Because there is almost no compensated interference between fluorescent dyes excited by different lasers, for multi-laser instruments we can avoid compensated interference by choosing dyes excited by different lasers, choosing dyes excited by the same laser is to try to choose dyes whose emission spectra do not overlap between dyes.





    7. How to adjust compensation during FCM detection?


    In the process of FCM detection, if there are multiple colors, the fluorescence compensation must be adjusted. To regulate compensation, we must first know the situation of double negative cells, and secondly, we must use single positive and double negative cells. Only when there are negative cells as a reference can compensation be regulated neither too much nor too little.





    8. What kind of fluorescein should be used for intracellular staining?


    For intracellular staining, fluorescein with lower molecular weight should be selected.





    9. Compensation is too high or gain is too low resulting in no signal/weak fluorescence how to do?


    Use a positive control to set the compensation again or increase the gain within a reasonable range to enhance the signal.





    10. What should I do if excessive antibodies are trapped and the fluorescence intensity is too high?


    This is a problem specific to intracellular staining, where larger fluorescent molecules allow antibodies to be trapped in the cell. Make sure the washing steps are adequate, including adding Tween or Triton to the wash buffer.

  • Common problems of flow apoptosis>

    1. What if the apoptosis rate is low?


    Insufficient apoptosis stimulation can increase the concentration of apoptosis-inducing reagents and the reaction time. The effect of fluorescent reagent was checked by single dye tube comparison. The fluorescence is fragile, and the reaction should be detected as soon as possible, preferably within 1h.





    2. What if the apoptosis rate is high?


    Gently handle the cells to ensure that the living cells are in good condition; Cells were collected and stained in time. Reduced Annexin V-FITC staining concentration.





    3. Cells too dense to produce false positive treatment?


    Cell density should not exceed 1x106 to avoid self-induced apoptosis during cell culture, rather than external processing factors.





    4. Processing of false positives from excessive digestion?


    Overdigestion may cause PS ectropion, resulting in false positive results. Therefore, it is best to digest with low concentration pancreatic enzyme, gently blow the adherent cells 2-3 times, and try to control the damage caused by pancreatic enzyme within 5%.





    5. Operation violently produce false positive processing?


    Be careful when handling adherent cells, too much force may cause cell membrane damage, resulting in PS exposure, resulting in false positives.





    6. Can the tissue blocks preserved in liquid nitrogen be analyzed by flow cytometry?


    No, because flow cytometry requires cells to be dispersed, single, and with good activity, a large number of cells will die in the process of frozen storage and rewarming of tissues, and many cell fragments will be formed when the tissues through this process are separated into single cells, which is not suitable for up-flow detection, so the specimens used for flow detection are best fresh specimens, that is, immediately after sampling, with the best effect. The tissue blocks preserved in liquid nitrogen can be sliced and then stained in situ to observe the apoptosis of tissue cells.





    7. Can Annexin V be used to detect apoptosis in plants and bacteria?


    Agreed.





    8. Can blood samples be used for apoptosis?


    Yes, but platelets must be removed from the blood, as platelets contain PS which bind to Annexin V and interfere with the results.





    9. How to count the number of apoptotic cells?


    The Annexin V apoptosis experiment generally counts the early apoptosis rate of cells when making apoptosis statistics, and there are also literature statistics on the total apoptosis ratio (the sum of early apoptosis and late apoptosis or necrosis cells).





    10. Can cells used to detect apoptosis be fixed?


    The formaldeformin fixative produced false positives, so the cells used for Annexin V apoptosis assay could not be fixed.





    11. Can PBS be used to replace the Binding Buffer in the apoptosis kit?


    No, the Annexin V Binding with PS depends on Ca2+, and the Binding Buffer contains Ca2+, which mainly promotes the Annexin V binding with PS. If Binding Buffer is not added, the Binding capacity of Annexin V will be reduced, resulting in significantly reduced positive signal or even no positive signal. Therefore, Binding Buffer must be added.

  • Common problems of in situ hybridization>

    1. Why do my in situ hybridization results have non-specific coloring?

    A: 1. For specimen reasons, the contents of endocannbiotin in liver and kidney were high, which combined with SABC led to non-specific coloring; the collagen content in skin and lung tissues was high, which was easy to adsorb reagents due to the negative charge of collagen.

    2. Edge effect caused by slice drying.

    3. Insufficient washing. Need more washing.

    4. Color developer oxidation, long color development time, produce a strong background. Need to control the color development time.


    2. The staining site is not correct. Why is the mRNA originally colored in the cytoplasm of the cell, but the experiment shows that the result is colored in the nucleus? (If showing a small number of nuclear coloring is normal).

    A: 1. The digestion time is too long. When the customer does it for the first time, he should explore a few more times, such as 5, 10, 15 minutes (depending on the new and old specimens, thickness and adjust themselves).

    2. If the organization fixed time is too long, the fixed time should be strictly controlled.

    3. If the probe concentration is too high, the probe can be diluted appropriately.


    3. Why is my in situ hybridization test not positive?

    A: 1. Whether the fixed time method is carried out according to the instructions and whether the specimen is obsolete. In the specimen fixation should be strictly operated to achieve timely fixation. The fixing solution was 4% paraformaldehyde (0.1Mpbs, PH7.0-7.6) containing 0.1%DEPC.

    2. The temperature in the preparation process is too high for too long, and the preparation of specimens is not standardized. Do not immerse wax at too high a temperature for too long. Usually 2 hours x 2 times. The baking temperature is generally around 60 ° C for 30 minutes.

    3. The experimental operation is not standardized, and the reagent is not added in the experiment.

    4. The hybridization time is too short and the temperature is not enough, so the hybridization time and hybridization temperature can be appropriately increased.

    5. Insufficient digestion, need to extend the digestion time.


    4. Why is my in situ hybridization test weak?

    A: 1. The hybridization time is too short and the temperature is not enough, so the hybridization time and hybridization temperature can be appropriately increased.

    2. Reagent loss.

    3. The color development time is too short, and the color development time needs to be extended.

    4. Insufficient digestion, need to extend the digestion time.


    5. What is the effect of digestion time on in situ hybridization experiment?


    A: The digestion of the specimen is more important for in situ hybridization. Proper digestion fully exposes the target gene and enhances the contact of the probe. However, excessive digestion will make the specimen significantly thin and even disappear, and different specimens have different sensitivity to digestion.




    6. What is the effect of washing time on in situ hybridization?


    A: Washing after hybridization is closely related to signal and background strength. The shorter the washing time, the stronger the signal and the higher the background; The washing time is too long, the lower the signal, the appropriate washing time will obtain the ideal signal strength and the background can be ignored.




    7. Is in situ hybridization the same as immunohistochemical fixative?


    A: The fixing solution is different. DEPC is needed in the fixing solution for ISH to prevent the degradation of mRNA, while DEPC is not needed in the fixing solution for immunohistochemistry.




    8. Must all utensils be sterilized and disinfected before ISH experiment?


    A: Conditions can be sterilized and disinfected, some utensils are also best treated with DEPC, if there is no that condition can also not be treated, but to keep the utensils clean.




    9. Now I am making your company's in situ hybridization product, but I do not have PBS for in situ hybridization, can I use ordinary PBS instead?

    A: In situ hybridization PBS must be used in situ hybridization special PBS, because special PBS is high salt PBS, the lower the concentration of PBS will be easier to wash away the results of hybridization.

  • Common problems of TUNEL apoptosis>

    1. 为什么我的细胞凋亡会出现非特异性着色?

    1) 标本原因,肝肾内源性生物素含量高,直接与SABC结合导致非特异性着色,皮肤肺组织胶原含量高,由于胶原带负电荷,易吸附试剂导致非特异性着色。

    2) 固定时间过长会导致胞浆着色。

    3) 洗涤不充分。

    4) 显色剂氧化,显色时间长。


    2. 为什么我的细胞凋亡实验没有阳性结果?

    1) TDT酶保存一定要恰当,在常温下容易失活,应在-20℃保存。

    2 )蛋白酶K消化时间不够,根据标本情况适当延长消化时间。

    3) 实验中漏加试剂,实验操作不规范。


    3. 为什么我的细胞凋亡的实验的阳性很弱?

    1) 标记液量过低,解决方法:根据组织大小提高标记液用量。

    2) 孵育时间过短,解决方法:延长孵育时间。

    3) 液体流失,解决方法:补加试剂。

    4) 显色时间过短,解决方法:在显微镜下控制反应时间。

    5) 蛋白酶K消化时间不够, 解决方法:延长消化时间。


    4. TUNEL法测凋亡细胞会出现假阳性或假阴性的情况吗?

    会出现假阳性或假阴性的情况。在坏死晚期和高增殖的细胞中也可产生大量的DNA片段 ,这就有可能会出现假阳性;在某些形式的凋亡细胞中DNA链断裂可能缺失或不完全,这就有可能出现假阴性。


    5. TUNEL法检测组织里面的凋亡细胞,组织样本需要固定吗?

    需要固定,并且需要及时固定。因为TUNEL法检测的是细胞中断裂的DNA片段,如果不及时固定DNA片段是会降解的。

  • Common problems in cell culture>

    1. 如何选用细胞系培养基?

    优先根据细胞来源公司提供的培养条件,其次参考ATCC推荐细胞对应培养基。一般建议不要随意更换培养基种类。细胞株均有其特定使用且已适应的细胞培养基,若骤然使用和原先提供的培养条件不同的培养基,可能造成细胞形态发生变化或者无法存活以及细胞的表型或功能丢失。


    2. 如果细胞发生微生物污染时,应如何处理?

    直接丢弃或者更换,将未受污染的细胞转移至其它培养箱,用实验室消毒剂消毒培养器皿和超净台以及二氧化碳培养箱。如果发生真菌霉菌污染,需要将房间紫外照射以消除可能产生的孢子。发生污染后同时排除使用试剂的污染,包括培养基和血清,可以空培试验。


    3. 为何培养基用一段时间后,颜色会偏紫?能否继续使用?

    培养基随着多次开盖会使瓶内培养液CO2 逐渐溢出,造成培养基越来越偏碱性变紫,特别是剩的培养基越少越容易变紫。可以将培养瓶盖子拧松放入二氧化碳培养箱校正溶液PH值,过一段时间就会变回正常。变紫的培养基是可以继续使用的,培养细胞时会在培养箱自动恢复颜色。


    4. 细胞培养液变黄,变浑,怎么处理?

    细胞培养液变黄多半是细胞密度过大,细胞增殖速度过快,产生大量酸性代谢废物,细胞营养不足。应立即进行消化传代处理。而培养液变浑多半是发生了细菌污染。


    5. 血清中出现的沉淀是什么?对细胞培养有影响吗?怎么去除?

    1) 纤维蛋白,它是经常出现的较大的沉淀物,可以达到1-2mm,可以用肉眼观察到。

    2) 胆固醇、脂肪酸酯以及一些蛋白质,它们也是血清中出现沉淀物的常见原因。

    3) 磷酸钙,它也是常见的一种沉淀物,通常会使血清出现浑浊,并且在37℃培养的时候会增加。这种沉淀物在倒置显微镜下观察像小黑点,这些小黑点由于布朗运动看上去可以活动,因此经常被误认为是微生物污染。

    这些沉淀对细胞的生长是没有影响的,如果想去除尽量采用离心的方法弃掉沉淀,不建议用过滤的方法去除沉淀,因为会堵塞滤膜而且会有污染的风险。


    6. 细胞何时换液最佳?

    1) 细胞消化传代后建议隔天或者隔两天换一次液。

    2) 细胞传代后发现碎片多、死细胞特别多在细胞形态已经出来的前提下可以第二天换液。

    3) 对于生长速度较慢的细胞可以多放点培养基,减少换液次数,让细胞静养。

    4) 细胞传代后细胞分布不均,细胞堆叠,细胞间隙大,局部密度大,这时不换液,可以采取消化重铺的方式。


    7. 细胞支原体污染怎么处理?

    支原体污染是比较难去除的,特别容易复发,一般建议直接更换新的细胞,如果特别精贵或者重要的细胞可以尝试使用四环素、大环内酯类抗生素(泰乐霉素)、喹诺酮类抗生素。


    8. 如何控制胰酶消化时间?

    胰酶消化的程度是细胞培养中的一个关键步骤:消化过度细胞碎片增多,黑渣子增多,细胞会成片脱落,严重影响细胞活性,导致部分细胞漂浮;消化不足则细胞难于从瓶壁脱落,反复吹打同样也会损伤细胞活性。

    不同细胞对消化液的敏感性不同,胰酶消化的时间也会有差异。像贴壁不牢的293T和Lncap可能1-2分钟,Hela和A549可能2-3分钟,HEPG2和CACO-2可能5分钟,5637和A431可能10分钟左右。胰酶消化时间与胰酶的活性及浓度,是否含EDTA,消化加入的胰酶体积,消化温度及细胞的密度有关。对于新购买的细胞,建议客户先用胰酶仔细去摸索一下消化时间,可每隔30s镜下观察细胞是否变圆,记录最佳消化时间,下一次操作参考之前的记录来控制时间即可。


    9. 如何避免血清沉淀物的产生?

    1) 解冻血清时,请按照所建议的逐步解冻法(-20℃至4℃至室温),

    2) 解冻血清时,请随时将之摇晃均匀,使温度及成分均一,减少沉淀的发生。

    3) 请勿将血清置于37℃太久。若在37℃放置太久,血清会变得混浊,同时血清中许多较不稳定的成分也会因此受到损害,而影响血清的质量。

    血清的热灭活非常容易造成沉淀物的增多,若非必要,可以无须做此步骤。


    10. 对细胞形态有疑问?

    1) 确定细胞所使用的培养基种类是否为说明书建议的。改变了培养基种类细胞形态可能会有变化。

    2) 以引种公司官网细胞照片为准,其次可以参考ATCC或DSMZ网站的图片。

    3) 如果上皮型细胞很明显成为成纤维细胞或者成纤维细胞很明显成为上皮型细胞,那需要查看细胞是否提供了STR鉴定报告,身份是否正确。

    4) 细胞的代次是否过高导致分化变异、细胞是否经过加药诱导、细胞是否经过转染等都会引起细胞形态出现变化。

    5) 细胞低密度和高密度形态是不一样的,还有一些细胞呈现形态比较慢,细胞要1-2天才能伸展开。所以细胞的正常形态要等细胞密度起来后才能确定。

  • ELISA FAQ>

    1.信号弱

    可能原因解决方法
    试剂盒没有充分平衡
    试剂室温平衡至少20分钟,确保所有试剂已平衡至室温
    孔内注入底物量不足
    检查吸液枪的功能,必要时进行校准。确保枪头与枪紧密地结合。使用同样的方法反复分析
    孵育的时间或者温度不够
    校正温育箱温度,避免在周围环境条件变化大的区域(如:在通风口或窗边处)孵育酶标板
    配制缓冲液的蒸馏水有问题
    使用新鲜合格的蒸馏水
    对照设置不当
    按照试剂盒的推荐,确保设置与对照孔的正确使用
    酶标仪滤光片不正确
    检查酶标仪使用的滤光片,如用TMB显色,应选用450nm的滤光片
    显色反应时间太短
    延长显色时间
    不正确的试剂储存方式
    按照说明书要求保存试剂盒
    试剂混用
    不同批号试剂勿混用,如有必要请咨询生厂商


    2.重复性差

    可能原因
    解决办法
    洗板不彻底
    确保洗板仪正常工作。不要减少洗液量、洗板次数或浸泡时间
    污染
    因唾液或皮肤可能含有分析物,因此在实验过程中,要带上口罩和手套
    加样本及试剂量不准,加样本及试剂量不准孔间不一致
    重复某一样品时,加样时间尽可能与第一次接近;
    重复测定标本,操作条件、人员等应尽可能与上次保持一致,以排除这些因素造成的不一致
    孔内试剂未充分混合
    不要使孔过于干燥。确保孔内试剂混合充分
    加入孔内的试剂量不等
    检查吸液管(枪)的功能,必要时进行校准
    加样本及试剂时,加在孔壁上部非包被区
    加样枪头不要贴壁
    重复利用枪头或者试剂容器
    在每次加标准品、样品或试剂之前,应更换枪头。每次配试剂时应更换新的容器
    重复利用酶标板封板膜
    在每次孵育阶段,按试剂盒内推荐,使用新的封板膜


    3.数据降低

    可能原因
    解决办法
    不恰当的数据处理方法
    按照试剂盒内的推荐,使用数据处理方法。其他处理方法可能会降低标准曲线的精确度。
    标准曲线未经分析
    如果没有计算机软件,使用对数纸绘制标准曲线并对对数变化进行回归分析。另外的标准曲线必须与每次分析相符合。试剂盒内所提供的标准曲线仅供参考,并不能用于计算结果。
    样本稀释
    做好预实验,选择好合适的稀释比例,尽量使样本浓度处在最佳的检测范围
    Hook效应
    样本浓度如果远高于试剂盒的检测范围,而样本没有稀释到合理的范围,会导致hook效应,致使结果呈现假阴性

  • IHC Frequently Asked Questions>

    1. 为什么实验结果无阳性或阳性弱?

    1) 一抗和二抗不匹配,使用针对一抗的二抗(如一抗来自兔,二抗为抗兔抗体)。确保一抗和二抗的同种型匹配(例如,IgY和IgG)。

    2) 没有足够的一抗与目标蛋白结合,提高一抗用量,建议4℃过夜孵育,延长孵育时间,增强抗原抗体结合,背景更低。

    3) 由于不当储存、稀释或反复冻融造成一抗/二抗试剂盒失效,由于储存和使用不当,导致抗体效价降低或失活,提高抗体浓度仍无阳性可做阳性对照确认一抗/二抗试剂盒的有效性。

    4) 样本中没有目标蛋白,通过查阅资料确认样本中是否存在某蛋白表达,若无可参考资料建议做阳性对照。

    5) 样本中目标蛋白含量太少,应用信号放大操作,例如,使用生物素偶联二抗和偶联酶的链霉亲和素(SABC试剂盒)。

    6) 脱蜡不彻底,延长切片脱蜡时间,使用新配制的二甲苯。

    7) 固定液封闭了抗体识别表位,固定时间过长会导致蛋白质空间结构发生折叠而遮盖抗原决定簇,可缩短样本固定时间,加强抗原修复。

    8) 蛋白位于细胞核内(核蛋白),抗体不能穿透核膜,对样本进行破膜通透处理。

    9) PBS缓冲液被细菌污染后破坏了靶蛋白的磷酸根,在抗体PBS储存液中加入适量防腐剂,或使用新鲜无菌的PBS。


    2. 为什么我的片子背景很强而且非特异性着色很严重?

    1) 未封闭或封闭不充分,延长封闭孵育时间,考虑更换封闭剂。推荐使用二抗种属来源的10%正常血清封闭1小时,或使用5% BSA封闭30分钟。另一种选择是用针对样品种属的Ig进行预吸附处理的二抗。

    2) 一抗浓度过高,针对一抗做浓度梯度实验,选择合适浓度,缩短抗体和底物孵育时间。

    3) 孵育温度过高,时间过长,选择4℃过夜或缩短孵育时间。

    4) 二抗质量不佳,使用不加一抗的二抗对照。如果观察到二抗对照有染色,则更换二抗或使用针对样品种属Ig进行预吸附处理的二抗。

    5) 内源性过氧化物酶含量过高,延长3%H2O2灭活时间或用0.5%高碘酸溶液室温孵育10min。

    6) 固定过度,福尔马林/PFA通常会在绿光光谱内产生自发荧光,因此试着使用红光范围内的荧光素。

    7) 注意实验操作细节,在所有步骤(除封闭)之间加强PBS充分洗涤,孵育时候切勿干片。

    8) 通透作用破坏膜并除去了膜蛋白,使用较温和的去垢剂(例如,用Tween 20代替Triton X)。或去除缓冲液中的透化剂。

    9) 一抗与被染组织同源(如用鼠一抗检测鼠组织),二抗会与同源的所有组织结合,使用种属来源不同于样本种属的一抗,或检测系统使用生物素直标一抗和酶偶联的链霉亲和素。


    3. 为什么我的标本着色部位不对?

    1) 胞浆抗原出现胞核有着色。降低反应强度,减少修复时间;由于组织固定过久,及时更换标本。

    2) 胞核抗原只出现胞浆表达。核抗原不易暴露,加强修复来充分暴露。


    4. 免疫组化实验如何设置对照实验?

    原则上讲,所有实验都应该设置阳性对照,阴性对照,空白对照。

    阳性对照主要是确保实验流程没有问题,各试剂质量过关,多用已有明确蛋白表达的组织。

    阴性对照是已知不表达检测蛋白的细胞系或组织切片,确认染色结果的特异性。

    空白对照一般多用一抗来源的动物血清,用以排除非特异背景染色。

    不过,由于样本选取的复杂性,国内多数实验室以及国外多数小实验室,都无法做到规范的阴性对照,所以普遍以空白对照代替阴性对照,而这种方法也在国内外得到承认。


    5. 免疫组化检测时,如何控制显色背景?

    在显色时,一定要在镜下严格观察结果变化,而不是一味的看显色时间,当阳性强而低背景时可以终止显色。在显色之前充分洗涤浸泡,若背景仍高的话可以用热的PBS洗涤。


    6. 在实验中如何有效避免修复后切片出现脱片情况?

    载玻片进行多聚赖氨酸防脱片处理。②在切片后及时烤片。③避免修复时间过长。⑤有些组织易于脱片,如骨组织、皮肤组织等,可以把切片浸泡在加热修复液中烫片修复。


    7. 封闭液如何选择?

    封闭液一般选择与二抗来源相同的种属,如二抗是羊抗兔,封闭液应选择羊血清。BSA一般也可以替代羊血清使用。


    8. 你们的说明书上说一抗孵育可以是37℃2小时,也可以采用4℃过夜,那我到底应该采用哪种方法呢?

    37℃2小时和4℃过夜的方法都可以得到较好的抗体孵育效果,但是37℃2小时孵育条件强,可能造成一些背景,所以如果安排方便的话,可以采用4℃过夜的方法,条件更加温和,而且结果的特异性更强,背景干净。


    9. 显色后必须要进行苏木素复染吗?

    苏木素主要是染细胞核,起一个定位的作用,更好判断阳性结果,这个不是必须要做的。


    10. 抗体需要分装保存吗?

    抗体比较合适的保存方式是分装后保存在-20℃冰箱。分装可以最大程度降低反复冻融对抗体活性的损害,同时也降低了多次从同一管中吸取抗体造成污染的可能性。分装的量以一次实验用完为好,但建议最少不少于10μL每份。

  • WB Common problems>

    1. 检测出的分子量与理论分子量有差异

    1) 翻译后修饰,比如磷酸化,糖基化等, 这些变化会增加蛋白的大小。

    2) 蛋白变性后复性引起的二聚体, 三聚体,四聚体等形式,分子量可能是单体形式的二倍,三倍,四倍等。

    3) 蛋白活化后剪切,比如很多蛋白在合成的时候是作为前体蛋白合成的,然后剪切形成活性蛋白片段形式,实际分子量变小。

    4) 蛋白的电泳表观分子量与理论分子量有差别,例如p53蛋白,其表观分子量是53kDa (这也是该蛋白名字的由来) ,但是根据氨基酸序列计算得到的分子量却是43kDa。

    5) 许多蛋白质有多个亚型, 分子量都不同。

    6) 可能是胶变形引起的,比对Marker出现偏差。

    7) 蛋白质的降解。


    2. Western blot结果中背景较高
    可能的原因及建议:
    1) 膜封闭不够
    答:延长封闭的时间;选择更加适合的封闭液。
    2) 一抗稀释度不适宜
    答:对抗体进行滴度测试,选择最适宜的抗体稀释度,降低抗体浓度。
    3) 一抗孵育的温度偏高
    答:建议4℃结合过夜。
    4) 检测时曝光时间过长
    答:减少曝光时间。


    3. Western blot结果中杂带较多
    可能的原因及建议:
    1) 目的蛋白有多个修饰位点(磷酸化位点、糖基化位点、乙酰化位点等),本身可以呈现多条带。
    答:查阅文献或进行生物信息学分析,获得蛋白序列的修饰位点信息,通过去修饰确定蛋白实际大小。
    2) 目的蛋白有其它剪切本
    答:查阅文献或生物信息学分析可能性。
    3) 样本处理过程中目的蛋白发生降解
    答:加入蛋白酶抑制剂;样本处理时在冰上操作。
    4) 上样量过高,太敏感
    答:适当减少上样量。

    5) 一抗或者二抗浓度偏高
    答:降低抗体浓度。


    4. Western blot结果中无信号或显示信号弱

    可能的原因及建议:
    1) 检测样本不表达目的蛋白
    答:选择表达量高的细胞作为阳性对照,用于确定检测样本是否为阴性。
    2) 检测样本低表达目的蛋白
    答:提高上样量,裂解液中注意加入蛋白酶抑制剂。
    3) 转移不完全或过转移
    答:可以用丽春红染膜并结合染胶(考马斯亮蓝)后确定条带是否转至膜上或转移过头;适当调整转膜的时间和电流。
    4) 抗体不能识别测试种属的相关蛋白
    答:购买抗体前应当认真阅读抗体说明书,确定其是否能够交叉识别测试种属的对应蛋白。
    5) 一抗孵育时间不足
    答:建议4℃结合过夜。
    6) 二抗与一抗不匹配。
    答:选择针对一抗来源的种属的抗体。


    5. 问题:WB实验中的蛋白质条带强度不一致

    解析:蛋白质条带强度不一致可能是由于抗体和蛋白质结合效率不一致、蛋白质浓度不一致等原因造成的。要解决这个问题,可以调整抗体的浓度和反应的时间,优化蛋白质的提取和浓度测定方法。


    6. 条带歪斜或漂移

    如果可以排除电泳时条带已经歪斜,可能的原因是:1)“三明治”结构因为电转移装置长期使用,海绵垫变薄或操作时没有压紧,在胶和膜之间可能存在潜在的间隙,导致电转移时蛋白从胶和膜之间的空隙中流走,或者在电转移过程中膜或凝胶歪斜。2)电转移时转移液没有完全浸没凝胶和膜。


    7. 转印的方法如何选择(半干还是湿转)

    半干转操作步骤与湿转基本类似,区别在于转移电压和时间也有所不同。半干转移系统中,滤纸和膜切成与凝胶相同大小很重要,这样电流必须通过凝胶。否则,在凝胶边缘处滤纸重叠将导致电流短路。

    两种转移系统中都必须注意防止在滤纸、凝胶和膜之间的任何地方存在气泡,气泡阻碍转移并在印迹膜上产生“秃斑”(即非转移区)。

    小分子量的蛋白半干转效果比较好,大分子量(100KD 以上)建议湿转。


    8. 在做Western Blot时,PBDF膜用甲醇浸泡的目的
    解答:PVDF膜用甲醇泡的目的是为了活化PVDF膜上面的正电基团,使它更容易跟带负电的蛋白质结合,做小分子的蛋白转移时多加甲醇也是这个目的。


    9. 内参抗体怎么选择

    内参抗体应遵循的原则:

    1) 样本种属来源:
    首先考虑实验样本来源于何物种。

    a. 哺乳动物的组织或者细胞样本,通常选择β- actin、β- tubulin、GAPDH、Lamin B、Histone H3等。

    b. 其他稀少物种来源,可以参照文献指导或是选择高度保守管家基因表达的蛋白质相应的抗体作为内参。

    2) 目的蛋白分子量:

    选择内参抗体时,应该考虑目的蛋白分子量的大小。通常应该保证目的蛋白与内参蛋白分子量相差5 kDa以上但勿差距太大。比如目的蛋白分子量为45 kDa,此时不适宜选择β-actin作为内参,可以考虑选择GAPDH或者β- tubulin作为内参。

    3) 目的蛋白表达部位:
    针对一般蛋白质检测,GAPDH、β-actin或β-tubulin可以满足要求,而如果需要检测亚细胞器蛋白时,适宜选择对应亚细胞器内参更能体现内部参照的准确性。比如常用的核内参抗体有Lamin ALamin BTBPYY1Histone H3。而对于膜蛋白检测,常用的内参抗体为ATP1A1。对于线粒体蛋白的检测,常用VDAC1COX IV作为内参抗体。

    以上原则仅针对通常情况,需要特别注意的是内参的选择还须考虑实际实验环境状况,比如某些细胞或组织由于缺氧、糖尿病等因素会导致GAPDH的表达量增高,此种状况下GAPDH不适合做内参;在涉及细胞增殖相关实验中,c-Jun由于自身表达变化就不适合做内参;在凋亡实验中,TBP、Lamin B等不适合作为核内参。因此在设计实验方案时应考虑这些因素的影响并查询相关文献,如果在实验过程中出现内参表达出现异常状况应及时分析原因并调整内参选择。


    10. 不能很好地将大分子量蛋白转移到膜上,转移效率低怎么样解决?
    解答转移缓冲液中加入20%甲醇(是指终浓度),可增加蛋白质和NC膜的结合能力,甲醇可以防止凝胶变形,可延长转移时间;转移缓冲液加入终浓度0.1%SDS,也是为了增加转移效率;用优质的转移膜,使用低浓度胶,如低至6%。提高转移电压/电流,增加转移时间。

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